细胞计数仪通常是基于成像或基于阻抗的原理。基于成像的系统使用显微镜和相机来捕捉图像，然后通过算法来计数细胞。基于阻抗的系统通过测量电阻来计数细胞的数量。
首先，考虑的是样品类型和应用，如果是细胞系，可以选择明场细胞计数仪，如果是原代细胞，可以选择荧光细胞计数仪；
其次，要考虑需要计数的样品数量，从而选择合适通量的细胞计数仪；
然后考虑细胞计数仪的计数准确性，以及系统可能提供的附加功能；
最终，决定是否使用自动细胞计数仪以及选择哪一个细胞计数仪在很大程度上取决于您的实验室目前在做什么和实验室的长期需求。
但是，在使用这些结果得出结论时，必须谨慎。例如，单倍体细胞百分比的降低可能表明精子细胞数量减少，但以下几个条件也可能导致百分比降低：
第一，单倍体细胞的数量不变，其他倍性细胞的数量增加;
第二，单倍体细胞的数量减少，其他倍性细胞的数量也减少，但减少相对较小。
第三，单倍体细胞数量增加，其他倍性细胞数量也相对增加和增加;
第四，这种百分比变化可能表明精子发生不受影响，但在两种情况下也可能发生这种情况：单倍体细胞和其他倍性细胞按比例增加;单倍体细胞和其他倍性细胞按比例减少。
第五，无论在组织匀浆期间细胞的准确鉴定和细胞粉碎，流式细胞术估计细胞数量存在至少一个缺陷。
第六，通常仅反映细胞的相对数量比，但不能确定测量的细胞。感兴趣区域的总数是否真的增加，减少或不变。
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